Na de executie van haar man, president Chris Soumokil van de Republiek der Zuid-Molukken (RMS), op 12 april 1966, vlucht Njonja Taniwel met haar veertienjarige zoon Thommy naar Nederland. Als weduwe van een leider wordt zij symbool van de Molukse onafhankelijkheidsstrijd. In Nederland probeert ze het verdeelde Molukse volk te verenigen, maar haar taak is zwaar en eenzaam. Ze wordt vaak niet begrepen door haar eigen gemeenschap en misbruikt door de Nederlandse overheid. 
 
Tijdens de treinkapingen in de jaren zeventig fungeert Njonja als onderhandelaar, worstelend met politieke beloften en haar eigen ethische overtuigingen. Haar strijd wordt zwaarder wanneer Thommy door een motorongeluk in een rolstoel belandt. Ondanks de fysieke en emotionele uitdagingen blijft zij haar zoon ondersteunen en vechten voor de gemeenschap.
 
Thommy's overlijden in 2023 confronteert Njonja met het verlies van haar zoon, maar ook met de erfenis van hoop en veerkracht die hij achterlaat. Het verhaal van Njonja is niet alleen dat van een moeder en weduwe, maar van een vrouw die, ondanks persoonlijke tragedies en politieke tegenstand, bleef strijden voor een groter ideaal. De Weduwe van de RMS biedt een indringende blik op de Molukse onafhankelijkheidsstrijd en de onverwoestbare kracht van een vrouw die haar principes nooit opgaf.